Luomupellolla ei käytetä kemiallisia, keinotekoisia torjunta-aineita. Kasvitauteja ja tuholaisia torjutaan luomutiloilla viljelykierron, kestävien lajikkeiden, luontaisten vihollisten tai biologisten torjunta-aineiden avulla.
Rikkakasveja pidetään kurissa viljelykierrolla, harauksilla ja rikkakasvien liekityksellä.
Viljelykierto on tarkeä osa suunnitelmallista luomutuotantoa. Jokaiselle peltolohkolle tehdään viljelysuunnitelma, jossa huomioidaan viljelykasvin ravinnetarve sekä ennaltaehkäisevät toimet kasvitautien, tuholaisten ja rikkakasvien torjumiseksi.
Jokaiselle peltolohkolle valitaan kasvuolosuhteissa parhaiten menestyvät lajikkeet. Lajikkeiden välillä on eroja mm. kuivuuden tai kosteuden sietämisessä tai tautialttiudessa. Lisäksi lajikkeiden valintaa vaikuttavat asiakkaiden toiveet esimerkiksi makeuden, värin tai varastokestävyyden osalta.
Luontaisten vihollisten käyttö on yleistä erikoisesti kasvihuonetuotan-nossa. Kasvustoon päästetään viikoittain petohyönteislajeja suojaamaan satokasveja tuholaisilta. Avomaatuotannossa voidaan suosia tiettyjä lintulajeja tekemällä niille pesiä. Siten linnut toimivat osana hyönteistentorjuntaa.
Biologiset torjunta-aineet ovat erikseen nimetyllä listalla, josta viljelijät tarkistavat aineiden käytön sallimisen luomutuotannossa. Aineissa on esimerkiksi luonnosta saatavaa pyretriiniä. Esimerkiksi hunajaan kastettu appelsiini houkuttelee tuhohyönteisiä.
Haraus tarkoittaa mekaanista maanpinnan muokkaamista siten, että nostetaan rikkakasvien juuret pintaan. Näin estetään rikkakasveja kasvamasta ja siementämästä. Harausta tarvitaan isoille peltopinta-aloille, joita ei kannata kitkeä käsin.
Liekittäminen tarkoittaa mekaanista torjuntaa, joka tehdään polttamalla rikkakasvit. Esimerkiksi sipulin läheltä rikkakasvit voidaan polttaa sipulinvarren siitä vahingoittumatta.